Zvířata a rostliny

Karyotypování živočišných a rostlinných druhů

  • Modul Zvířata a rostliny podporuje karyotypování jakéhokoli živočišného či rostlinného druhu.

  • Obsahuje rozložení karyogramu a klasifikátory určené pro následující druhy:

    • Skot

    • Koza

    • Myš

    • Vepř

    • Potkan

  • Ideogramy, šablony karyogramu a klasifikátory pro další druhy může snadno nastavit uživatel.


Určování druhů

  • Systém umožňuje pracovat s různými popisy chromozomů.

  • Lze definovat počet chromozomů.

  • Lze vybrat schéma pro určování pohlaví:

    • Drosophila - XX

    • XY

    • Abraxas - ww

    • WZ

  • Jednoduché zaznamenávání pomocí čísel, nebo písmen.


Šablony karyogramů

Po určení druhu se automaticky upraví šablona karyogramu. Editor šablon umožňuje změnu pozic a zarovnání každého typu chromozomu. Je také možné vytvořit další pozice pro speciální účely, jako jsou markery nebo fragmenty.


Klasifikátory

Čas potřebný pro karyotypování lze dramaticky zkrátit použitím správně vytvořeného klasifikátoru. LUCIA Cytogenetics umí klasifikovat jak chromosomy s pruhováním, tak chromosomy obarvené homogenně. Systém automaticky zvolí klasifikátor, který má být použit k dosažení nejlepších výsledků klasifikace. Při klasifikaci pruhovaných chromosomů se vyhodnocuje pruhování spolu s délkami chromosomů. U technik bez pruhování se berou v potaz morfologické vlastnosti jako velikost nebo tvar chromosomů. Pokud je k dispozici dostatečně velký počet obrazů, systém pomocí techniky učení vytváří dobře fungující a spolehlivý klasifikátor.

Editor Ideogramu

Sady ideogramů, které nejsou součástí instalace, mohou být v systému vytvořeny a přidány uživatelem. Editor umožňuje definovat pruhování, umístění a pořadí pruhů a jejich vlastnosti (jako hustota a popisky).

Vzhledem k tomu, že ideogramy obsahují důležité informace o relativní délce chromosomů a poloze centromery, tak pokud neexistuje klasifikátor definovaný pro současný druh, pro klasifikaci se používají ideogramy.