LUCIA Karyo se vyznačuje snadností obsluhy a rychlostí získání výsledků. Kromě funkcí pro analýzu obrazových dat obsahuje nástroj pro automatické i manuální generování zpráv a velmi výkonou a flexibilní databázi sdílenou s ostatním členy rodiny LUCIA. Součástí je také citlivá kamera kompatibilní s velkou většinou mikroskopů.
Co umí?
- Snímat obrázky metafází, včetně těch, které přesahují zorné pole kamery. Jednotlivé vybočující chromosomy mohou být "sesbírány" do prvního snímku nebo lze vytvořit velký obrázek složením z více snímků.
- Automatické úpravy obrazů jako zvýraznění kontrastu, pruhování a barvení.
- Poloautomatické oddělování překrývajících se nebo dotýkajících se chromosomů.
- Inteligentní klasifikace s možností učení.
- Vytváření karyogramů, jejich úpravy včetně stríhání. Různé možnosti zobrazení včetně zobrazení ideogramů G400, G550, G850, R400, Q400.
- Vkládání anotací včetně uživatelsky definovaných frází.
- Intuitivní, přehledná, flexibilní a bezpečná správa dat s pomocí výkoné SQL databáze.
- Rychlá tvorba zpráv včetně zpráv souhrných. Možnost uložení v databázi, tisku nebo výstupu ve formátu PDF.
Snímání
Ze všeho nejdříve je třeba nasnímat obraz metafáze. Systémy LUCIA zajišťují vysokou kvalitu obrazu pečlivým výběrem používaných kamer a jejich propracovaným ovládáním včetně průběžné automatické expozice. Během snímání systém průběžně indikuje kvalitu obrazu.
Pokud vybraná metafáze přesahuje zorné pole kamery, použijete např. funkci Snímání velkých obrazů. Nasnímáte několik snímků tak, že se překrývají, a necháte software, aby je automaticky sešil do jednoho velkého obrázku, který zachycuje skutečné rozmístění chromozómu.
Funkce Shromáždit chromozómy umožňuje nasnímat jednotlivé chromozómy, které jsou příliš vzdálené od centra metafáze, než aby se vešly do zorného pole kamery a vložit je blíže středu. Funkce umožní nasnímat dodatečně další obraz a přemístit chybějící chromosom(y) do původně nasnímaného obrazu. Obrazovka se rozdělí na čtyři části: obraz metafáze nalevo a chromozóm(y) ke shromáždění napravo. Horní části zobrazují celý nasnímaný obraz. Nakreslíte ořezovou oblast kolem chromozómu a jednoduše přetáhnete tyto chromozómy do celkové části.
Zpracování a analýza obrazu
Dříve než je možné nasnímané obrazy hodnotit, je mnohdy potřeba provést určité úpravy za účelem vylepšení částí obrazu: můžete použít rúzné druhy kontrastu, nebo filtrů pro zaostření či vyhlazení. Některé z těchto úprav může systém aplikovat automaticky po nasnímání.
Do nasnímaného obrazu lze přidat anotace nebo spočítat obsažené chromozomy. Všechny anotace se ukládají do oddělené obrazové vrstvy a nejsou součástí obrazových dat. Proto můžete anotace kdykoliv snadno změnit.
Prvním krokem samotného karyotypování je oddělení chromozomů od pozadí, takzvaná segmentace. Často se stane, že chromozomy, které se nacházejí příliš blízko sebe, jsou detekovány jako jeden objekt. LUCIA nabízí několik nástrojů pro jejich automatické nebo manuální oddělování. Pokud jsou dva chromozomy spojeny pouze tenkým krčkem, kliknutím pravým tlačítkem na jeden z nich budou chromozómy automaticky odděleny. Chromozomy můžete oddělit i ručně nakreslením dělící čáry myší. Pokud se v obraze některé chromozómy křižují, je možné tyto oddělit příslušným nástrojem. Dále je zde několik funkcí pro zbavení se objektů omylem detekovaných jako chromozomy. V neposlední řadě se nabízí soubor funkcí pro úpravu traru jednotlivých chromozomů.
Po rozstříhání chromozomů přichází na řadu tvorba karyogramu. Systém posoudí každý chromozom na základě tvaru, velikosti a pruhování a automaticky uspořádá karyogram. Výsledek můžete ručně upravit. Přesnost klasifikace můžete zvýšit vytvořením nového klasifikátoru, který naučíte klasifikovat na vašich vlastních obrazech. Takový klasifikátor bude odrážet specifické techniky laboratoře. V karyogramu lze používat veškeré funkce pro oddělování chromozomů a jejich úpravu.
Všechny kroky úprav obrazu a jednotlivých chromozomů, stejně jako úpravy anotací, jsou zaznamenávány v historii, kterou lze krok po kroku procházet tam i zpět. Pokud nejste spokojeni s výsledkem některé z funkcí můžete její výsledek snadno vrátit.
Databáze
Nasnímané a analyzované obrazy se v ideálním případě ukládají do databáze společně s daty vyšetřovaných pacientů. Systém pracuje s výkonnou databází standardu SQL. Data se ukládají na jedno místo - na server. Tím se mnoho věcí zjednodušší - údržba a zálohy jsou jednoduché, uživatel může pracovat na různých pracovištích nebo i doma a připojovat se k databázi přes internet. Komunikaci s databázovým serverem lze zabezpečit (šifrovat). Další výhodou databázového serveru je možnost uložení velmi velkého množství dat, které lze prohledávat, prohlížet a analyzovat mnohem rychleji než na samostatném PC. Databáze poskytuje další funkce a možnosti práce s pacientskými daty (kontrola duplicity, souhrnné statistiky, předvyplnění formulářů, atp.) dále umožňuje ukládání zpráv, informací o preparátech nebo uživatelských nastavení.
Zprávy
LUCIA umožňuje tvorbu zpráv, které obsahují obrázky a data o pacientovi či vyšetření. Zprávu můžete vytvořit ručně, podobně jako když vytváříte dokument v textovém editoru, nebo lze využít funkce šablon. Tu pak využijete zejména při opakovaných úlohách, kdy se do šablony pouze "nasypou" informace o právě provedené úloze. Nejvýkonnější a časově nejúspornější je vytváření zpráv z dat uložených v databázi. LUCIA může uložit zprávu nebo šablonu zprávy do samostatného souboru, ale také do databáze, kde mohou být sdíleny s odtatními uživately. Do zpráv lze také vkládat data ve formě čárových kódů a zefektivnit tak pracovní postupy.